지주회사 출자금지라는 제도가 만들어진 이유는 대기업의 시장 독점 지배를 막기 위해서 입니다. 예를 들면 삼성이라는 지주회사가 신규 계열회사를 만들면서 그 계열회사에 집중적으로 지원을 해주면 금방 경쟁사를 누르고 시장을 지배하게 됩니다. 일종의 특혜죠. 그런 독점을 막기 위해 순이익의 25% 이상을 계열사에 투자할 수 없도록 막아놓은 것(총출자제한)입니다. 주식획득도 마찬가지로 제한을 두었지요.
반면에 자회사란 모회사의 자본지배를 받는 회사이기때문에 출자제한을 받지 않습니다. 어느 정도 회계예산을 독립해서 운영하는 계열회사와는 다른 개념입니다.